1. Genética e Melhoramento - visa a obtenção de cultivares de cacau, seringueira e palmáceas geneticamente superiores em termos de produção, qualidade do produto e resistência às enfermidades;

2. Fitossanidade - objetiva conhecer e desenvolver métodos de controle integrado de pragas e doenças do cacaueiro, seringueira, palmáceas, fruteiras e especiarias;

3. Fisiologia vegetal - busca conhecimentos básicos e de apoio para as áreas de melhoramento genético, manejo, doenças e pragas;

4. Solos e nutrição de plantas - visa desenvolver técnicas de aplicação de fertilizantes e corretivos e testar fontes alternativas de fertilizantes, além de classificação, manejo, conservação de solos e pesquisa em microbacias hidrográficas;

5. Tecnologia de Pós-colheita - busca desenvolver processos de beneficiamento primário, armazenamento e aproveitamento de subprodutos de cacau;

6. Economia e Sociologia rural - objetiva a avaliação de economicidade das tecnologias geradas pela pesquisa, avalia e acompanha os fatores determinantes das inter-relações e condições sociais das regiões produtoras de cacau;

7. Diversificação de cultivos - busca o desenvolvimento de tecnologias para a sustentação e expansão dos cultivos regionais e a adequação e implementação de novas espécies multifuncionais com potencial econômico para o Sudeste da Bahia;

8. Recursos ambientais - objetiva o conhecimento, conservação e preservação das áreas remanescentes da mata atlântica, através de pesquisas que visam a implementação de sistemas de agricultura sustentável no Sudeste da Bahia.